監測系統作為一個重要的監測系統，具有復雜性和聯鎖性，每一個微小的故障都會給整個系統帶來很大的問題。
1）溫度、壓力、流量、濕度數據異常
檢查相應的測量元件是否正常，取樣管道是否暢通。
2）顆粒物測量值異常
檢查粉塵計電源是否正常，粉塵計是否損壞；檢查探頭鏡頭是否干凈，否則清洗；吹掃壓縮空氣是否正常投入運行。
3）樣品氣體流速異常
異常流量通常低于正常或無流量顯示。檢查轉子流量計是否堵塞；如果轉子流量計正常，檢查整個取樣管道是否泄漏或堵塞。
煙氣在線傳感器測量結果誤差偏大
系統中出現上述部分故障，將導致分析儀測量結果與實際數據不符，誤差偏大。此外煙氣分析儀的定期標定和標定時所用標氣的有效期也會影響分析儀的測量結果。
在系統投入運行初期階段，分析儀測量參數呈逐漸增大的趨勢，尤其是SO2和NOx測量數據達到1500mg/m3左右。這是由于沒有定期對分析儀進行標定，造成分析儀工作不穩定，出現漂移現象，導致誤差越來越大，測量結果嚴重失真。按照分析儀標定步驟，進行標定后，各測量參數顯示在正常范圍。
因此在日常巡檢維護中，應當定期對分析儀進行標定，降低分析儀的測量誤差。一般建議煙氣分析儀配備一個二位二通的調零電磁閥，電池閥得電時切斷樣氣、標準氣進入，失電時常態樣氣進入、標準氣切斷，以實現對煙氣分析儀的定期標定。
其次，CEMS系統使用的標氣(一般為N2)不應超過有效期。CEMS系統的標氣主要用于對煙氣分析儀的定期標定，標氣的濃度是一個已知的固定值，每一種標氣都有有效期，超過有效期后，標氣的濃度發生變化，不能準確標定分析儀器。
